Tin tức > Trang tin Khoa học-Công nghệ
 
 
 
 
Tìm kiếm protein “Efector” từ hệ transcriptome ở giai đọan đầu tăng trưởng của tuyến trùng gây sưng rễ đậu nành
Ngày đăng: 14/02/2018       Số lượt xem: 488       Người đăng: luungocminh
 

 

  

Nguồn: Gardner MDhroso AJohnson NDavis ELBaum TJKorkin DMitchum MG. 2018. Novel global effector mining from the transcriptome of early life stages of the soybean cyst nematode Heterodera glycines. Sci Rep. 2018 Feb 6;8(1):2505.


TÓM TẮT


Tuyến trùng gây sưng rễ đậu nành (SCN: Soybean cyst nematode, tên khoa học là Heterodera glycines) là ký sinh có tính chất bắt buộc (obligate) có liên quan đến sự tiết ra những “effector proteins” để thao tác những tiến trình sinh học trong tế bào cây chủ; mà những tiến trình ấy có xu hướng hình thành nên  một “feeding site” (vị trí để tuyến trùng tấn công) trong rễ cây đậu nành, nhằm đảm bảo sự sống sót và phát triển của tuyến trùng. Sự phức tạp trong chuỗi trình tự của hệ gen tuyến trùng và hiện tượng đồng tiến hóa đã gây áp lực trên những “effectors” như vậy; điều đó vẫn chưa được người ta biết nhiều. Ở đây, nhóm nghiên cứu đã xây dựng nên một hệ transcriptome de novo đặc trưng cho giai đoạn đầu tiên trong tang trưởng của SCN trên sự tương tác với cả hai loài ký chủ “thích hợp” và “không thích hợp” nhằm tạo ra điều kiện tốt nhất cho sự tìm kiếm “effector” trên qui mô toàn cầu, khi chúng ta chưa có đầy đủ hệ gen của SCN đã được thông tin một cách chi tiết (annonated genome). Họ đã thực hiện một chiến lược có tên gọi là “dual effector prediction” (dự đoán effector cặp đôi) để có thể biết được “effector” mới bằng công cụ “prediction tool”, “N-Preffector”, với một hệ thống dự đoán protein được tiết ra theo cách thức truyền thống để  tìm kiếm một effector mới hoặc dự báo những ứng cử viên của “effector”. Phân tích đã cho kết quả phân biệt được những effectors đồng tiến hóa với kiểu gen của cây chủ; chúng được chuyển đổi bởi pathogen để duy trì chức năng cơ bản trong quá trình chúng ký sinh rễ đậu nành, kết qủa chứng minh rằng: sự kiện splicing (cắt intron, nối exon) xen kẻ như vậy là cơ chế được sử dụng để định dạng các “effector”. Bên cạnh đó, họ còn xác định được sự hiện diện của nhưng cư dân khác, ví dụ như virus và vi sinh vật với các thông tin về trình tự DNA. Hệ transcriptome này đặc trưng cho những trình tự cho toàn bộ hệ gen tuyến trùng hiện này, có khả năng đối với SCN và có thể được người ta sử dụng như một công cụ hữu ích để thực hiện “annotation” (giải thích trình tự DNA) cho toàn bộ hệ gen tuyến trùng.

 

Xem https://www.nature.com/articles/s41598-018-20536-5

 

GS. Bùi Chí Bửu lược dịch.

 


Hình 1: Sự phân bố loài tuyến trùng tương đồng với H. Glycines trên cơ sở so sánh số phân tử transcript. Giá trị tương đồng được dự đoán theo “BLASTX search” dựa trên nhiều cơ sở dữ liệu protein ở mức “e-value cut off” là “1e–5”. Hai mươi loài đứng tốp đầu có giá trị tương đồng tốt nhất được biểu thị ở đây. Sự tiến hóa của loài được ghi nhận từ cơ sở dữ liệu “NCBI Taxonomy Browser” và hiển thị bằng “IcyTree”.

  

Nguồn: iasvn.org

 
Các tin tức khác [Quay về] 
 
     Làm sao để lúa luôn khỏe mạnh, không ngại áp lực    (31/07/2018 | 86)
     Lâm Đồng sẽ ứng dụng công nghệ trí tuệ nhân tạo trong nông nghiệp năm 2019    (16/07/2018 | 215)
     Tại sao lúa bị ngộ độc hữu cơ?    (06/07/2018 | 394)
     Đào tạo nguồn nhân lực đáp ứng nền nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao 4.0    (05/07/2018 | 189)
     Chất chống côn trùng hữu cơ dành cho nông nghiệp    (29/06/2018 | 399)


  :: TIN MỚI NHẤT
Gia cố móng chính sách cho trụ đỡ nông nghiệp
Cục Bảo vệ thực vật sẽ loại bỏ glyphosate ngay khi có đủ bằng chứng
Thị sát và tư vấn phòng trừ bệnh lúa lùn sọc đen phương Nam trên lúa mùa 2018 tại Thái Bình
Các bài báo gần đây nói về nguy cơ nhiễm độc thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) trong máu người
Tọa đàm thanh niên Việt Nam – Trung Quốc lần thứ 18 tại Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam

  :: TIN ĐỌC NHIỀU NHẤT
Đua nhau giảm giá, thị trường xe hơi vẫn ảm đạm
Viện NC bông và PTNN Nha Hố làm việc với UBND huyện Ninh Sơn, Ninh Thuận nhằm đẩy mạnh hợp tác chuyển giao KHCN trong SXNN
Lào Cai: Phát triển cây ăn quả ôn đới
Bộ NN-PTNT ra công điện phòng chống rầy lưng trắng, bệnh lùn sọc đen
Độc tố trong măng cực hại sức khỏe nếu không biết cách này để loại bỏ
 

Cơ quan chủ quản: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

 

Trang tin điện tử của Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam.


Người chịu trách nhiệm chính : Giám đốc Nguyễn Hồng Sơn

 

Giấy phép số: 114/GP-BTTTT ngày 23/03/2007 Bộ Thông tin và Truyền thông.


Trụ sở: Thanh Trì - Hà Nội;  Điện thoại: 84.24.38615487;  Fax: 84.24.38613937.