Khi hai loài có quan hệ gần gũi được lai, kết quả ưu thế lai có thể ẩn trong bố mẹ chúng hoặc có thể cho ra ưu thế lai với cường lực lai rõ ràng.

Nhiều giả thuyết về ảnh hưởng của lai như vậy đã được công bố nhưng chưa có một giải thích khoa học nào được hoàn chỉnh. Enrico Coen thuộc Trung Tâm Công nghệ sinh học John Innes (JIC) và cộng sự viên đã nghiên cứu vai trò của những biến dị di truyền về tính trạng không cân xứng của hoa thuộc hai loài hoa mõm chó (snapdragon) có quan hệ huyết thống gần nhau. Kết quả cho thấy rằng con lai biểu thị ưu thế lai tốt hơn nhiều về tăng trưởng và một số tính trạng liên quan. Tuy nhiên, khi kéo dài thời gian, những tính trạng khác thí dụ như tính trạng có liên quan đến sinh sản có thể biểu hiện tình trạng rất kém phát triển, làm giảm khả năng thụ tinh của con lai. Các nhà khoa học này giải thích rằng các mức độ thể hiện gen có thể tự do chuyển dịch trong quá trình tiến hóa trong những giới hạn đặc biệt nào đó. Tuy nhiên, có ảnh hưởng tích lũy xảy ra về biến dị di truyền giải thích những ảnh hưởng tương phản trong sự kiện lai như vậy. Xem chi tiết http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1000429.